癌症精准治疗时代下循环游离DNA的应用：分析前和分析后的相关问题（三）
发布时间： 2017-02-22 17:45:18 点击量：
虽然cfDNA作为分子遗传学测试分析物的潜在可行性已经得到广泛认可，但是经过预验证、FDA批准的测试仍然很有限。在这种矛盾的情况下，需要实验室开发基于cfDNA的测试，也就是实验室自建项目(LDTs)。除了地方立法外，LDT的实施要求经过两个主要的国际标准ISO1518972和ISO17025的独立验证。现在已有关于分子遗传学试验的验证指南，开发实验室测试时可用作参考。值得重视的是，EuroGentest已经开发了一个用于实施分子遗传学测试的标准化框架，其中对新试验的验证过程进行了详细说明。欧盟病理学会分子病理学质量保证工作组和皇家病理学院指南为分子病理学测试建立了基础，对分析要求、样本制备、分析、报告和结果解释进行了描述。
但是，现在尚无cfDNA提取步骤验证指南。同样值得注意的一个问题是仅仅知道某种提取方法获得的cfDNA产量和完整性是不够的。在总cfDNA中的片段分布以及ctDNA比例更为重要。在常规使用的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本的分子遗传学测试中，需要有相应的苏木精-伊红（H&E）染色进行组织学检测。原因之一是当样本中的肿瘤比例低于某个阈值时，术者可以选择其他的组织，重新取样或者是通过手工刮取或显微切割法来富集肿瘤细胞。但是，在临床上，我们有时会面临这样的情况，以上三个选择均不可行，我们必须在一个转移的淋巴结中用不到100个肿瘤细胞做检测。在此情况下，知道组织样本中的肿瘤比例将促使分子病理学家格外关注常规工作流程阳性范围之外可作为药物靶点的突变。他们可以将这些信息传递给为患者决定治疗方案的医生。如果能够知道样本中肿瘤细胞的比例，病理学家在出报告时将更加自信，且可以为患者治疗提供一些关键信息。
目前没有关于如何验证cfDNA试验的明确指南，可能是由于研究者对于cfDNA的生物特性以及代表性尚未达成共识。因此，当设计cfDNA试验的验证实验时，应牢记分析有效性和临床有效性之间的区别。也就是说，即使对cfDNA结果进行了验证，也只能保证检测平台能够准确反映所获得的cfDNA的状态，而不意味着能够反映患者肿瘤的全面情况。就这一点而言，FFPE组织可能不能作为cfDNA试验验证的金标准，虽然早期关于cfDNA应用的研究已经报告了相关比较结果。在这样的比较中，敏感性和特异性的概念也是无效的。例如，当使用实时PCR比较同一患者血浆和FFPE中的EGFR突变状态时，扩增的是两个模板库。一个代表已经经过凋亡的正常和/或癌症细胞，另一个代表原发肿瘤细胞亚克隆的未经凋亡的组合。因此，cfDNA和FFPE是两个互补的遗传库，可结合起来为癌症患者提供全面的基因谱。
除非能够立即解决cfDNA分子病理学监测的技术局限性，cfDNA的结果应当与辅助信息一起报告，包括分析物的类型(cfDNA)，检测的范围（包含的基因座）以及测试的性能特点（是否能够找到单核苷酸替换/小片段插入缺失/结构改变）。最重要的是，当对结果进行解读时，分子病理学家要确保cfDNA的代表性以及测试的局限性等信息准确传递给临床医生并被他们充分理解，从而在综合各方面情况的条件下做出治疗决定，尤其是在出现阴性结果的情况下。
